세계 최강의 포켓몬을 만들겠다는 생각을 한 과학자들은 뮤의 머리카락으로 뮤츠라는 복제를 만들어낸다. 그러나 뮤츠는 뮤와는 달리 흉폭한 성격으로 인간들을 증오하는 마음을 가지고 있다. 또한 자신을 이용하여 세계를 정복하려는 로켓단의 두목을 뒤로 하고 뉴아일랜드 성으로 향한다. 스스로 가장 강한 포켓몬 트레이너라고 칭하던 뮤츠는 다른 트레이너들의 포켓몬들을 납치하여 원래의 포켓몬보다 뛰어난 실력을 가진 복제 포켓몬을 만들어내는데...
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